Место на кластере
В кластере пользоваться следующими папками (где <user>
- логин пользователя):
-
/sf/smpdata1/<user>
- файловая система для 1) хранения исходных данных 2) результатов анализа над этими данными, 3) программ.Данная ФС медленная, на ней запрещается выполнять вычисления -
ВНИМАНИЕ! Данный раздел на данный момент не работает
/sf/scratch/<user>
- быстрая файловая система для промежуточных файлов. Все вычисления над файлами следует выполнять в этой папке -
/home/<user>
- кроме служебных скриптов и прочих файлов небольшого размера (.bashrc, ключи ssh, прочие конфигурационные файлы) запрещается складывать файлы (программы, большие файлы)
Пользователи должны выполнять следующие операции на кластере ЦКП:
-
Геномы, транскриптомы, т.п. - входные данные - можно скачивать из внешних ресурсов на
/sf/smpdata1/<user>
или используя программы, работающие по протоколу SFTP -
Перед проведением компьютерного анализа над данными, пользователь копирует их на
/sf/scratch/<user>
(с помощью командыcp
) -
После анализа пользователю рекомендуется скопировать результаты обратно на
/sf/smpdata1/<user>
(аналогично, черезcp
)