ЦКП "Биоинформатика"
Основная страница / Работа с кластером / Место на кластере

Место на кластере

В кластере пользоваться следующими папками (где <user> - логин пользователя):

  • /sf/smpdata1/<user> - файловая система для 1) хранения исходных данных 2) результатов анализа над этими данными, 3) программ. Данная ФС медленная, на ней запрещается выполнять вычисления

  • ВНИМАНИЕ! Данный раздел на данный момент не работает /sf/scratch/<user> - быстрая файловая система для промежуточных файлов. Все вычисления над файлами следует выполнять в этой папке

  • /home/<user> - кроме служебных скриптов и прочих файлов небольшого размера (.bashrc, ключи ssh, прочие конфигурационные файлы) запрещается складывать файлы (программы, большие файлы)

Пользователи должны выполнять следующие операции на кластере ЦКП:

  1. Геномы, транскриптомы, т.п. - входные данные - можно скачивать из внешних ресурсов на /sf/smpdata1/<user> или используя программы, работающие по протоколу SFTP

  2. Перед проведением компьютерного анализа над данными, пользователь копирует их на /sf/scratch/<user> (с помощью команды cp)

  3. После анализа пользователю рекомендуется скопировать результаты обратно на /sf/smpdata1/<user> (аналогично, через cp)